回复技术参考:scNanoCOOL-seq还可以在单分子分辨率检测染色体易位等复杂基因组结构变异事件产生的表观遗传改变,同时也为在单个细胞中对等位基因特异性的表观遗传特征以及DNA链特异性的表观遗传特征的研究提供了强大的工具。
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单细胞多组学测序技术是指对一个单细胞同时检测多个组学层面(例如基因组、表观基因组和转录组)的测序技术。这类技术可以更系统、全面地探索细胞异质性以及同一个细胞内的不同组学层面之间的互动关系,有利于更深入地解析复杂的生理、病理过程中细胞类型特异性的分子调控机制。 目前,人们对单个细胞内表观基因组及其与转录组之间的互动关系的了解主要来自二代测序平台(NGS)。而随着测序技术的发展,基于Oxford Nanopore或PacBio SMRT的三代测序平台(TGS,也称为单分子测序平台)出现。三代测序平台能够进行高通量长读长测序,为长片段DNA上的表观遗传修饰研究带来了新机遇。 近日,北京大学生物医学前沿创新中心汤富酬课题组首次报道了名为scNanoCOOL-seq的单细胞多组学测序技术。该技术整合了三代测序平台(单分子测序平台)和scCOOL-seq原理,主要采用亚硫酸氢盐转化和单接头PCR扩增的策略,最终获得长度约为900bp的基因组DNA扩增片段。 据称,scNanoCOOL-seq技术能对一个单细胞同时进行基因组(拷贝数变异)、DNA甲基化组、染色质可及性以及转录组测序分析。利用长读长测序的优势,scNanoCOOL-seq还可以检测全长CpG岛和基因启动子区域的多重表观遗传特征以及不同组学层面间的互动关系。此外,scNanoCOOL-seq还可以在单分子分辨率检测染色体易位等复杂基因组结构变异事件产生的表观遗传改变,同时也为在单个细胞中对等位基因特异性的表观遗传特征以及DNA链特异性的表观遗传特征的研究提供了强大的工具。