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微生物参与腐蚀过程中，金属表面会附着一层具有腐蚀能力的生物膜，在微生物体内生物酶的作用下，细菌将硫酸盐还原成硫离子，硫离子与腐蚀产生的铁离子进一步反应生成铁硫化物，从而参与并加速腐蚀过程。采取措施如下: （1）表面技术：涂层作为一道屏障可以使金属表面光滑以减少微生物附着。目前研发抗生物污染的有机涂层，已经广泛地用于埋地管线、建筑物外墙、海洋结构材料的防护； （2）电化学保护：阴极保护可以使金属腐蚀过程的电子迁移得到抑制，避免或减弱腐蚀的发生。因此可以采用更低的阴极保护电位来控制微生物引起的钢铁厌氧腐蚀，同时阴极保护与有机涂层联合使用也有效地弥补了有机涂层会发生降解的缺欠； （3）生物抑制剂：目前采用杀菌剂注入工业水系统中，也可以作为防治细菌腐蚀的方法； （4）实时监测：大多数的腐蚀都可以通过早期监测来采取控制措施从而减缓腐蚀，避免事故发生。因此对腐蚀过程中微生物的生长，数量，生物膜的厚度等进行监测，也有助于我们采取控制措施。
