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乙醇和异丁醇不仅是化工领域是很重要的原料，还是生物领域优质的清洁燃料。乙醇是清洁的高辛烷值燃料，是燃油品质的改善剂。它在美国、巴西和欧盟国家应用都非常广泛，而且在美国大部分汽油中都要求添加10%的燃料乙醇。异丁醇作为生物燃料不但辛烷值高，而且能量密度与汽油相当。 生产乙醇和异丁醇的主要初始原料是葡萄糖，葡萄糖的来源正是大量的生物质，既包括农副产品，如玉米芯、高粱、土豆和木薯等，也包括各种廉价的废弃物，如树叶、树皮、锯末等，以及造纸厂的工业纤维废渣等。 乙醇的生产主要依靠酿酒酵母进行微生物发酵将糖类转化成乙醇。而异丁醇主要通过基因工程的方法。首先对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌或酿酒酵母等进行改造，然后才能进行大规模微生物发酵生产。 纤维素酶除了可用于制备燃料乙醇和异丁醇外，还可用于发酵生产沼气。由于我国利用纤维素制备生物燃料还处于发展初期，所以存在许多限制，其制备还没有达到大规模工业化的水平。
