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基于CRISPR-Cas的RNA适配体筛选系统

 生物赛道冲冲冲

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核酸适配体(aptamer)由诺奖获得者Jack Szostak命名,这是是一类短的、单链DNA(ssDNA)或RNA寡核苷酸,通过形成三维空间结构,结合特定蛋白或者细胞发挥作用。基于其独特的生物学和化学特性,核酸适配体正在用于诊断试剂和治疗药物的开发。指数富集的配体系统进化技术(SELEX)是核酸适配体筛选的金标准方法,主要基于核酸文库与目标蛋白或细胞在溶液中或者在细胞表面的亲和力作用,再结合深度测序捕获富集序列。与此同时,对CRISPR/Cas的改造,已经拓展出远远超过其天然核酸酶的功能,发展出了转录调控、表观遗传调控、基因组标记等丰富多彩的应用。

近日,深圳大学生命与海洋科学学院王宇课题组,联合广州实验室赵金存教授,清华大学谭旭研究员,中国科学院动物研究所周兵研究员以及深圳疾控中心张仁利教授,在 Advanced Science 期刊发表了题为:Repurposing CRISPR/Cas to Discover SARS-CoV-2 Detecting and Neutralizing Aptamers 的研究论文。

该研究报道了一种新颖的基于CRISPR/Cas的RNA配体筛选系统——CRISmers(CRISPR based aptamers screening system)。有别于传统的SELEX筛选,CRISmers将RNA适配体筛选从溶液体系或者细胞表面搬到了细胞内,从而提供了胞内天然生物环境下的RNA和蛋白质的折叠与相互作用,并避免了筛选过程中的环境波动影响。CRISmers通过CRISPR/Cas的转录激活功能,将RNA适配体与靶蛋白的亲和作用转化为抗生素筛选压力下细胞的存活能力,以每个单细胞作为相互隔离的物理单元,区分功能性事件和背景噪音。

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