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可食用的农副产物一般都是植物的内含物，纤维素又是植物细胞壁的主要成分，所以使用纤维素酶可以改变细胞壁的通透性，有利于提取内含物中的蛋白质、葡萄糖等营养物质，便于食品再加工。 食品生产方面，纤维素酶常应用于蔬菜汁、橄榄油的提取以及果汁的澄清。由于植物细胞壁的主要成分是果胶、纤维素等物质，因此使用纤维素酶有利于植物细胞内容物渗出，可提高细胞内淀粉、蛋白质、脂肪等物质的提取效率，减少压榨时间，简化工艺。 酿酒的时候添加纤维素酶则可以缩短发酵时间，提高原料利用率，降低溶液粘度，使得酿出的酒口感更加醇香，杂醇油含量也更低。 在酱油酿造时使用纤维素酶，可使大豆等原料的细胞膜膨胀、软化、被破坏，使包藏在细胞中的蛋白质、碳水化合物释放，从而缩短酿造时间，提高产率，提高产品的品质，使产品的氨基酸还原糖含量增加。 纤维素酶在油料作物加工中也起着非常重要的作用。传统上一直采用压榨法或有机溶剂法生产油类产品，其产品质量差、产量低、操作时间长，同时不可避免有机溶剂残留。采用酶处理法代替有机溶剂法，一方面可以提高油的产量和质量；另一方面，控制酶反应条件，使生产加工在较温和的条件下进行，可以避免剧烈条件对产品质量的影响。
