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目前赤藓糖醇发酵液经过菌体灭活后，选择陶瓷膜过滤菌体，活性炭脱色，离子交换树脂脱盐，蒸发浓缩，结晶，分离，干燥，最终得到赤藓糖醇成品。 由于发酵液中含有大量菌体、色素、蛋白、无机盐、葡萄糖、赤藓糖醇，想得到纯度较高的赤藓糖醇，必须分离菌体、去除色素、蛋白、脱盐、去除残糖（葡萄糖）。 传统分离菌体的方法有：板框过滤、陶瓷膜过滤；脱色方法有：活性炭脱色、树脂脱色；脱盐方法有：离子交换树脂，结晶；在膜技术飞速发展的当代，膜技术替代传统分离提取技术越发凸显。膜技术具有能耗低、效率高、设备占地面积小、投资低、操作简单、分离精度高等优点为赤藓糖醇行业的发展带来新的工艺。
