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用AI预测CRISPR基因编辑活性,为精准基因调控铺平了道路

 黄药新师

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CRISPR基因编辑技术在生物医学等领域有着很多应用,从治疗遗传疾病、癌症,到农业育种、核酸检测等等。CRISPR基因编辑依赖于其两种组分,向导RNA(guide RNA,gRNA)负责识别和靶向目标位点,Cas酶负责对目标位点的切割。CRISPR-Cas9是应用最为广泛的CRISPR系统,但越来越多研究显示,其对DNA的直接切割具有潜在风险。

近年来,越来越多的CRISPR-Cas家族被相继发现,其中CRISPR-Cas13是新型CRISPR工具中的耀眼新星(尤其是Cas13d)。与Cas9不同的是,Cas13是靶向切割RNA。RNA靶向的CRISPR系统为开发新一代的基因编辑疗法带来了巨大希望。

2023年7月3日,纽约大学和哥伦比亚大学的研究人员在 Nature Biotechnology 期刊发表了题为:Prediction of on-target and off-target activity of CRISPR–Cas13d guide RNAs using deep learning 的研究论文。

研究团队将深度学习技术与CRISPR筛选相结合,开发了一种人工智能(AI)平台——TIGER,可以预测RNA靶向的CRISPR系统(CRISPR-Cas13d)的上靶和脱靶活性,还能实现对基因表达水平的精确调控。这项新技术为CRISPR基因编辑疗法中的精准基因调控铺平了道路,也进一步推动了RNA靶向的CRISPR系统在人类遗传学和药物发现方面的广泛适用性。

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回复黄药新师:通过将人工智能(AI)与RNA靶向的CRISPR筛选相结合,研究团队设想TIGER的预测将有助于避免不希望的脱靶活性,进一步促进新一代RNA靶向疗法的发展。

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