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大多数的治疗性酶本质上属于蛋白质，因此大多与其它蛋白质一样具有四级结构，即：一级（序列）、二级（α-螺旋和β-片状结构）、三级（全蛋白折叠）和四级（多蛋白复合物）。酶的活性位点的主要功能是接触底物和进行生化反应，酶的三维结构和活性位点内的分子结构对酶活性有决定性作用。 在高温、强酸、强碱等理化因素的作用下，酶会发生变性而失去催化活性。因此，酶促反应往往都是在常温、常压和接近中性的条件下进行的。在下游纯化过程中，必需保持各级结构及活性位点的完整性才能够维持酶活，因此需要选择条件和操作足够温和的纯化步骤。
